De mange maratonløpene som arrangeres har hver sine særpreg, men de kan deles i et færre antall når det gjelder typer av løyper. Man skiller mellom punkt-til-punkt løyper, rundløyper og ut-og-tilbake løyper som tre hovedtyper.

Bildet: Oslo Maraton - rundløype med start og mål samme sted (Foto: Per Inge Østmoen).






Punkt-til-punkt løyper:
Ut fra legenden om budbringeren Pheidippides som løp fra byen Marathon og til Aten, en distanse på ca. 40 km, gikk det første "maratonløpet" i en punkt-til-punkt løype. Mange maratonløp i dag, og deriblant flere storbyløp har også slike traseer. Nevnes kan Boston Marathon som går fra byen Hopkinton og til Boston, New York Marathon, som går fra Staten Island og til Central Park, og London Marathon som går fra Greenwich Park (rød start) og til The Mall i London sentrum. Av norske maraton er Fjellmaraton med start i Sjoadalen og mål på Beito et av de maratonløpene som har en punkt-til-punkt løype.

En forhold når det gjelder punkt-til-punkt løyper er at de deles inn etter hvor stor høydeforskjellen mellom start og mål er. Generelt klassifiseres løyper som nedoverbakkeløyper dersom det er mer netto fall enn 1 m/km, noe som for maraton (42,195 km) tilsvarer mer enn 42 m netto fall fra start til mål. Resultater fra slike maratonløp med mer enn 42 m netto fall er godkjent for statistikker dersom løypa ellers har riktig lengde, men de regnes ikke som direkte sammenliknbare med hva som oppnås i vanlige løyper og føres derfor oftest på egne lister.

Et annet forhold som kan være begunstigende når det gjelder punkt-til-punkt løyper er vindforholdene, noe som spesielt kan gjelde hvis løypa går i nær rett linje fra start til mål. Med tanke på dette er det en regel når det gjelder rekorder som sier at resultater må være oppnådd i løyper hvor avstanden mellom start og mål ikke skal overstige 50 % av hele distansen. Siden dette er en regel som gjelder godkjenning av rekorder har den svært liten praktisk betydning med tanke på statistikker annet enn at resulater som er oppnådd i løyper hvor det har vært gunstig medvind ofte føres i statistikker med en "a" (assisted) etter tiden.

Et kjent maraton hvor det både er nedoverbakkeløype (136 m) og hvor vindforholdene kan være gunstige er Boston Marathon. Spesielt gunstige var forholdene i 1994 og 2011, noe som også fremgår av vinnertidene fra disse årene.

Når det gjelder norske maraton er det for tiden ingen løyper som er nedoverbakkeløyper. Man hadde tidligere Hardangervidda Maraton som gikk ned fra vidda og til Geilo, og hvor høydeforskjellen var 445 m. Dette løpet ble imidlertid nedlagt på 90-tallet.

Rundløyper:
Rundløyper er løyper hvor det løpes en eller flere runder med start og mål i umiddelbar nærhet av hverandre. Rundløyper finner man for eksempel i København Marathon hvor det løpes en runde på 42 km. Flere norske maratonløyper er også rundløyper, som Oslo Maraton og nystartede Bergen City Maraton hvor det løpes to runder av 21 km.

Hvorvidt en løype bør kalles punkt-til-punkt eller rundløype kan til en viss grad avhenge av hva man definerer som samme sted når det gjelder start og mål. I kjente storbyløp som Berlin Marathon er likevel avstanden mellom start og mål ca. en kilometer, og løypa blir da en punkt-til-punkt løype.

Ut-og-tilbake løyper:
Løyper hvor det løpes ut og deretter tilbake samme vei er ikke så vanlige som punkt-til-punkt og rundløyper. Med tanke på storbyløp med mange deltagere er også slike løyper lite egnet.

Av norske løp har Jølster Marathon en ut-og-tilbake løype hvor det fra Vassenden løpes 21 km langs Jølstravannet hvoretter løypa har vendepunkt og man løper tilbake samme vei.